４月
入学式
暖かな日差しの中，毎年4月6日に土浦日本大学中等教育学校の入学式が行われます。緊張した様子で入場する1年生を保護者や来賓の方々，教職員，在校生が暖かく見守り式が進行されます。
５月
踏破会
クラス学年を超えた仲間と協力しながら距離を歩くことを通して，健康増進を図ると共に，地元土浦の自然や地理から新たな発見と学年を超えた関係性つくりを目指します。これは国内・海外の研修の班別行動の練習としての意味合いもあります。
卒業生講演会
国立・難関私立・日大・医歯薬等様々な進路へ進んだ卒業生方からパネルディスカッション方式で受験体験や学校生活について後輩へのアドバイスを行う会です。
医学講演会
医歯薬・医療系大学進学希望者を対象に，外部から現場の一線で活躍されている講師を招き，医療人に必要な素養や学力への理解を深め，進路目標に向けた意識を高めることを目的として開かれます。（土浦日大高等学校との共催）
６月
地域奉仕活動
学年ごとに通学路・河川清掃やハザードマップ作り，環境調査等，校内・校外に赴きます。地域奉仕活動を通じて自分たちの通う学校の周辺環境・地理を見つめる機会となります。
Sports Day
全校生徒による運動会です。赤団・青団・黄団・緑団の4色に分かれ徒競走や綱引き，玉入れなど十数種の競技を得点を競いあいます。毎年実行委員を中心に先輩が後輩を引っ張る姿が印象的です。
７月
蓼科研修
長野県蓼科高原の自然豊な土地で，オリエンテーリングを行います。初めての研修で仲間・教員と寝食をともにし，協調性や友情を深めます。
英国（バンバリー）研修
英国バンバリーチューダーホールでの語学研修です。現地の中高一貫校を貸し切り仲間，教員と28日間共同生活を送ります。語学の他にイギリスの文化・歴史，習慣など学習内容は多岐に渡ります。※今年度は，豪州（ブリスベン）にて実施予定となります。
英国（ケンブリッジ）研修
英国ケンブリッジでの語学研修です。ガートンカレッジを貸し切り仲間，教員と16日間共同生活を送ります。ケンブリッジ市内でのリサーチプロジェクトワークを行うなど実践英会話のスキルに磨きをかけます。※今年度は，豪州（パース）にて実施予定となります。
8月
夏季課外講座
7月末～8月末までの夏季休業中にⅠ期～Ⅴ期に分け，学年・教科ごとの課外授業です。前期課程は夏までの復習とワンランク上の応用編の授業を中心に行い，後期課程は受験対策の授業を中心に行います。
9月
合唱コンクール
土浦市民会館大ホールを貸し切り，1～3学年全クラス，4学年音楽選択クラス，5学年有志がそれぞれ課題曲と自由曲を1曲づつ発表します。毎年レベルが上昇しており感動の声が多く聞かれる行事です。
芸術鑑賞会
アート体験や鑑賞を通して感性を磨き豊かな精神を養うことを目的として学年ごとに実施します。
３年生では次年度の英国研修に向け，日本の伝統芸能である歌舞伎を鑑賞します。歌舞伎の観覧を通じて日本の歴史や伝統的文化を学び，感性を磨き教養を身につけます。
10月
Open House（文化祭）
「クラス企画」「有志・サークル発表」「英語スピーチコンテスト・英語インタラクティブフォーラム・国語ディベート・研修発表等の学習発表」の3つから構成され1～5年生がさまざまな企画に参加する学習発表の場となります。
11月
広島研修
平和記念公園での追悼式・碑めぐり，資料館見学，化学兵器（毒ガス）製造の実態を今に残す大久野島，海軍将校として必要な各種の知識・技術・教養などを教育を行っていた海軍兵学校等々，歴史的文化遺産に触れることで，「平和とは何か」「戦争とはなにか」を改めて体系的に学びます。
京都・奈良研修
1300余年の歴史のある古都，京都・奈良で歴史はもちろんのこと，日本古来の風習や衣・食・住などの文化を知り，日本人としてのアイデンティティを形成します。
12月
法曹会講話
法学部，法曹界を目指す生徒を対象に，現職の法曹関係者を招き，講話を通じて進路選択の一助とするとともに，法曹界の一端に触れることによって将来の進路目標に向けた意識を高めることを目的として開かれます。（土浦日大高等学校との共催）。
2月
生徒会役員選挙
生徒会役員選挙活動を通して投票行動のシミュレーションを行います。投票日には，選挙管理委員会から借りてきた実際に選挙で使用されている投票箱，記載台を使用することで，将来の選挙に対しての意識も高めます。
3月
卒業式
6年間の集大成がこの卒業式です。毎年感動的な式となります。
Sports大会
年度末の一日をつかい，担任と生徒が一体となってこの一年間培ってきた「クラスの和」を様々な競技種目を通じて発揮するイベントです。
クイズ大会
全校をあげて，クイズ形式で楽しみながら知的好奇心を高め，基礎知識の大切さや自ら学ぶ姿勢を養うことの大切さを知るイベントです。
